Laboratório de Biologia Computacional de Proteínas

Nosso objetivo é conjugar métodos computacionais e experimentais para estudar as relações entre estrutura, função e evolução de proteínas.

Utilizamos métodos já bem estabelecidos para caracterização estrutural e funcional de proteínas, além de desenvolver nossas próprias metodologias computacionais. O laboratório desenvolve ativamente o método de Decomposição de Redes de Coevolução de Resíduos (DRCN), que vem sendo usado para identificar determinantes funcionais em sub-classes de famílias de proteínas (resíduos responsáveis por características encontradas em membros específicos de famílias multigênicas) e seu uso para o planejamento e a interpretação de estudos experimentais, em especial envolvendo mutagênese sítio-dirigida.

Mais recentemente, temos utilizado também a metodologia de reconstrução de sequências ancestrais para compreender como a utilização de diferentes tipos de aminoácidos por uma proteína em seus sítios funcionais é capaz de alterar sua função ao longo da evolução.

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Protein Computational Biology

Our goal is to combine computational and experimental methods to study protein structure, function and evolution.

We use well established methods for protein structural and functional characterization, while also developing our own computational methodologies. Our lab is actively developing a method called Decomposition of Residue Coevolution Networks (DRCN), which has been used to identify functional determinants in protein family sub-classes (residues responsible for characteristics found in specific members of multigenic families) and its use for designing and interpreting experimental studies, commonly using site-directed mutagenesis.

More recently, we have been also using the Ancestral Sequence Reconstruction method in order to understand how the utilization of different residue types by a protein in its functional sites can alter its function throughout evolution.